细胞内蛋白质组丰度的动态变化对各种生命过程有重要影响。例如在许多疾病的发生和发展进程中，常常伴随着某些蛋白质的表达异常。目前定量蛋白质组学技术主要分为同位素标记(label)和非同位素标记的(label free)定量,其中标记方法以体内标记SILAC和体外标记(如 iTRAQ、TMT 标记) 。

Label-Free定量是一种不依赖与任何同位素标记的定量研究方法，该方法由于不适用昂贵的同位素内参标记，方法上简单易操作，通过LC-MS/MS即可对不同样品的肽段进行强度分析，比较不同样品的谱图差异进行蛋白质的相对定量。

iTRAQ和TMT技术是分别由美国AB Sciex公司和Thermo Fisher公司研发的体外标记定量技术。该技术采用多种稳定同位素标签，特异性标记多肽的氨基基团进行LC-MSMS分析，能够同时比较多达10种不同样本中蛋白相对表达量，可用于研究不同的条件下，组织样品中蛋白质表达水平的差异。

iTRAQ/TMT定量蛋白组学分析技术特点

• 高通量定量蛋白分析：可以同时分析10个样品；适合大量临床样本，多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物
• 体外标记，适用于分析组织，细胞，血液等多种样品
• 质谱分析灵敏度高，可检测较低丰度蛋白，大范围比较蛋白相对丰度
• 可与富集磷酸化等修饰肽段的方法联用，更准确研究翻译后修饰变化

分析内容包括：

1) 蛋白鉴定总览

2) 数据标准化

3)  PCA主成分分析

4) 蛋白功能GO二级注释分类

5) 蛋白功能KEGG注释

6) 差异蛋白筛选

7) 差异蛋白火山图

8) 差异蛋白热图

9) 差异表达基因GO功能分析

10) 差异表达基因Pathway功能分析

11) 差异基因蛋白互作分析